simulations/Makefile

   1
   2 SHELL=bash
   3
   4 Ns=[500,1000,10000,25000]
   5 ms=[50, 100, 250, 500]
   6 seeds=[$(shell seq -s, 1 250)]
   7 all:remembr.RDS
   8
   9 srun=srun -A comdata -p compute-bigmem --time=10:00:00 --mem 4G -c 1
  10
  11 example_1_jobs: 01_two_covariates.R simulation_base.R grid_sweep.py
  12         grid_sweep.py --command "Rscript 01_two_covariates.R" --arg_dict '{"N":${Ns},"m":${ms}, "seed":${seeds}, "outfile":["example_1.feather"]}' --outfile example_1_jobs
  13
  14 example_1.feather: example_1_jobs
  15         rm -f example_1.feather
  16         sbatch --wait --verbose --array=1-3000 run_simulation.sbatch 0 example_1_jobs
  17         sbatch --wait --verbose --array=3001-6001 run_simulation.sbatch 0 example_1_jobs
  18
  19 example_2_jobs: example_2.R
  20         grid_sweep.py --command "Rscript 02_indep_differential.R" --arg_dict '{"N":${Ns},"m":${ms}, "seed":${seeds}, "outfile":["example_2.feather"]}' --outfile example_2_jobs
  21
  22 example_2.feather: example_2_jobs
  23         rm -f example_2.feather
  24         sbatch --wait --verbose --array=1-3000 run_simulation.sbatch 0 example_2_jobs
  25         sbatch --wait --verbose --array=3001-6001 run_simulation.sbatch 0 example_2_jobs
  26
  27 example_2_B_jobs: example_2_B.R
  28         grid_sweep.py --command "Rscript example_2_B.R" --arg_dict '{"N":${Ns},"m":${ms}, "seed":${seeds}, "outfile":["example_2_B.feather"]}' --outfile example_2_B_jobs
  29
  30 example_2_B.feather: example_2_B_jobs
  31         rm -f example_2_B.feather
  32         sbatch --wait --verbose --array=1-3000 run_simulation.sbatch 0 example_2_B_jobs
  33
  34 example_3_jobs: example_3.R
  35         grid_sweep.py --command "Rscript example_3.R" --arg_dict '{"N":${Ns},"m":${ms}, "seed":${seeds}, "outfile":["example_3.feather"]}' --outfile example_3_jobs
  36
  37 example_3.feather: example_3_jobs
  38         rm -f example_3.feather
  39         sbatch --wait --verbose --array=1-3000 run_simulation.sbatch 0 example_3_jobs
  40
  41
  42 remembr.RDS:example_2_B.feather example_1.feather example_2.feather example_3.feather
  43         ${srun} Rscript plot_example.R --infile example_1.feather --name "plot.df.example.1"
  44         ${srun} Rscript plot_example.R --infile example_2.feather --name "plot.df.example.2"
  45         ${srun} Rscript plot_example.R --infile example_2_B.feather --name "plot.df.example.2B"
  46         ${srun} Rscript plot_example.R --infile example_3.feather --name "plot.df.example.3"
  47
  48
  49
  50 #       sbatch --wait --verbose --array=3001-6001 run_simulation.sbatch 0 example_2_B_jobs
  51
  52 # example_2_B_mecor_jobs:
  53 #       grid_sweep.py --command "Rscript example_2_B_mecor.R" --arg_dict '{"N":${Ns},"m":${ms}, "seed":${seeds}, "outfile":["example_2_B_mecor.feather"]}' --outfile example_2_B_mecor_jobs
  54
  55 # example_2_B_mecor.feather:example_2_B_mecor.R example_2_B_mecor_jobs
  56 #       rm -f example_2_B_mecor.feather
  57 #       sbatch --wait --verbose --array=1-3000 run_simulation.sbatch 0 example_2_B_mecor_jobs
  58 #       sbatch --wait --verbose --array=3001-6001 run_simulation.sbatch 0 example_2_B_mecor_jobs
  59
  60
  61