simulations/run_simulation.sbatch

   1 #!/bin/bash
   2 #SBATCH --job-name="simulate measurement error models"
   3 ## Allocation Definition
   4 #SBATCH --account=comdata
   5 #SBATCH --partition=compute-bigmem
   6 ## Resources
   7 #SBATCH --nodes=1
   8 ## Walltime (4 hours)
   9 #SBATCH --time=4:00:00
  10 ## Memory per node
  11 #SBATCH --mem=4G
  12 #SBATCH --cpus-per-task=1
  13 #SBATCH --ntasks-per-node=1
  14 #SBATCH --chdir /gscratch/comdata/users/nathante/ml_measurement_error_public/simulations
  15 #SBATCH --output=simulation_jobs/%A_%a.out
  16 #SBATCH --error=simulation_jobs/%A_%a.err
  17 source ~/.bashrc
  18
  19 TASK_NUM=$(($SLURM_ARRAY_TASK_ID + $1))
  20 TASK_CALL=$(sed -n ${TASK_NUM}p $2)
  21 ${TASK_CALL}
  22