MacInstallNotes

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   2 Purpose
   3 =======
   4 This document is what I'd call a "ridealong" -- it's intended a quick
   5 repository of observations and hints that I kept as annotation to the project
   6 README and install guides I found online. It's not a substitute for your own
   7 research and good judgment. That said, I found the whole process relatively
   8 straightforward, so the other purpose here is to encourage Mac users to just
   9 give it a try.
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  11 Software Setup
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  14 - Python and R
  15 I initially thought I would use my IDEs (R Studio and Spyder via Anaconda) for
  16 a lot of this project, but it turned out that command line was the easier way
  17 to go when running the python scripts.
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  19 - iGraph. I installed this as part of all the python lib installs rather than
  20 dealing with it standalone. It's "python-igraph" in that case.
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  22 - Python libraries install. These were almost all present in Spyder/Anaconda,
  23 except for python-igraph and sklearn. Just calling install didn't work, so I
  24 ended up installing them via pip -- conda didn't work. Here's an interesting
  25 link about conda vs pip:
  26 https://jakevdp.github.io/blog/2017/12/05/installing-python-packages-from-jupyter/
  27    Later on, I ended up installing homebrew package manager to get the final
  28 make to work -- I could've probably saved a bit of time by installing it
  29 earlier.
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  31 - R libraries install. This worked fine from inside R studio, but later in
  32 the process I ended up using Terminal to run the scripts from the chapter
  33 build process itself.
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  35 Data Cleaning
  36 ===============
  37 I copy-pasted all these commands into Terminal, and they just worked. Yay.
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  39 Running Analyses
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  41 To get infomap, I had to clone with:
  42 git clone http://github.com/mapequation/infomap
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  44 My old Macbook Air handled the computational load just fine, so don't be scared
  45 about the memory warnings in the general README.
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  47 The Gephi analysis did run forever (I didn't stay up long enough to watch it
  48 do its thing, if you want to know what kind of forever I mean), but it stopped
  49 actually updating or changing after a while. Just hit stop when the rainbow
  50 jelly ball starts trembling instead of really moving around. I never did get
  51 it to look like the one in the paper TBH but I took that to be aesthetic.
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  53 Chapter-Building
  54 ================
  55 Here's where I found I needed to install homebrew, so that I could install all
  56 the moreutils (sponge!) and run the compile.
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  58 The LateX build process spit out a ton of errors -- not just the usual whining
  59 about underfull hbox badness, but also stopping on various reference compiling
  60 errors. Never fear: if you page through them, it'll work in the end.
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  62 And done!
  63 -Kaylea Champion
  64 2.23.2018
  65 kaylea@uw.edu
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