r_tutorials/w04-R_tutorial.rmd

   1 ---
   2 title: "Week 4 R tutorial"
   3 subtitle: "Statistics and statistical programming  \nNorthwestern University  \nMTS 525"
   4 author: "Aaron Shaw"
   5 date: "October 6, 2020"
   6 output:
   7   html_document:
   8     toc: yes
   9     number_sections: true
  10     toc_depth: 3
  11     toc_float:
  12       collapsed: false
  13       smooth_scroll: true
  14     theme: readable
  15   pdf_document:
  16     toc: yes
  17     toc_depth: '3'
  18 ---
  19
  20 ```{r setup, include=FALSE}
  21 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
  22 ```
  23
  24 Welcome back! This week we'll get into some more advanced fundamentals to help you import and tidy/manage data, define and run your own functions, generate distributions and samples, and manage dates. Some of these topics are more useful for future problem sets (e.g., the stuff about distributions and dates), but I've included them here to start introducing the ideas.
  25
  26
  27 # Importing (yet more) data
  28
  29 So far, we have imported datasets that come installed with R packages with the `data()` function as well as the `load()` function to read R data files (.RData, .rda, etc.). For better and worse, you should be able to import data in other formats too.
  30
  31 Before I get any further, I want to note that my approach here is to use R commands directly that you can type in RMarkdown scripts or run at the console yourself. RStudio also provides a number of handy data import tools through the graphical interface and drop-down menus. [This how-to article](https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/218611977-Importing-Data-with-RStudio) introduces some of these resources.
  32
  33 Tabular (rows and columns) data files formatted as plain text with "comma-separated values" (".csv's") are quite common, so we'll look at those. R comes with a handy `read.csv()` command that does exactly what you'd expect. Here's an example using a csv file I created from one of R's built-in datasets called `mtcars`, which has old data about fuel consumption cars. Run `help(mtcars)` to learn more about where it comes from and to read the variable descriptions. Since it's built-in, you can import it using `data(mtcars)`, but I also posted it to the course data repository so we can use the `url()` command to point `read.csv()` to download it:
  34
  35 ```{r}
  36
  37 data.url <- url("https://communitydata.science/~ads/teaching/2020/stats/data/week_04/mtcars.csv")
  38
  39 my.mtcars <- read.csv(data.url)
  40
  41 head(my.mtcars)
  42 ```
  43
  44 As always, take a look at the help documentation for `read.csv()` to learn more about some of the arguments that you can use. Because data comes in so many (weird) formats, there are many possible arguments!
  45
  46 You might notice that the documentation for `read.csv()` is actually part of the documentation for another command called `read.delim()`. Turns out `read.delim()` is just a more general-purpose way to read in tabular data and that `read.csv()` is short-hand for `read.delim()` with some default values that make sense for csv files. Here is a command that produces identical output to the previous one
  47
  48 ```{r}
  49
  50 more.cars <- read.delim(url("https://communitydata.cc/~ads/teaching/2019/stats/data/week_03/mtcars.csv"), sep=",")
  51
  52 head(more.cars)
  53
  54 table(more.cars == my.mtcars)
  55 ```
  56
  57 When find yourself trying to load a tabular data file that consists of plain text, but has some idiosyncratic difference from a csv (e.g., it is tab-separated instead of comma-separated), you should use `read.delim()`.
  58
  59 How will you know what to use? Get to know your data first! Seriously, try opening it the file (or at least opening up part of it) using a text editor and/or spreadsheet software. Looking at the "raw" plain text can help you figure out what arguments you need to use to make the data load up exactly the way you want it.
  60
  61 For example, you might notice that my import of the mtcars.csv file introduces an important difference from the original `mtcars` dataset. In the original `mtcars`, the car model names are `row.names` attributes of the dataframe instead of a variable.
  62
  63 ```{r}
  64 head(mtcars)
  65 row.names(mtcars)
  66 ```
  67
  68
  69 Since it's the first column of the raw data, you can fix this with an additional argument to `read.csv`:
  70
  71 ```{r}
  72
  73 my.mtcars <- read.csv(url("https://communitydata.science/~ads/teaching/2020/stats/data/week_04/mtcars.csv"),
  74                       row.names=1)
  75 head(my.mtcars)
  76
  77 table(my.mtcars == mtcars)
  78 ```
  79
  80 This illustrates a common issue that relates back to variable types (classes). Most of the commands in R that import data try to "guess" what class is appropriate for each column of your dataset. Surprise, surprise, these guesses are sometimes not so great and often quite different from what you might guess. As a result, it's a great idea to inspect the classes of every column of a dataset after you import it (review last week's R lecture materials for more on this).
  81
  82 ## Importing proprietary data formats
  83
  84 R has libraries that can read (and write) many proprietary data file formats, including files from Stata, SAS, MS Excel, and SPSS (among others).
  85
  86 That same [helpful Rstudio how-to data import article](https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/218611977-Importing-Data-with-RStudio) includes several examples of these. You can find other suggestions and examples online.
  87
  88
  89 # Tidy and manage data
  90
  91 Last tutorial introduced the "*apply" family of functions (e.g., `sapply`, `lapply`, and `tapply`). This time around, I want to introduce an example of how to use them repeatedly over a set of objects.
  92
  93 ## Conditional means with nested `*apply` functions
  94
  95 I used `mtcars` for this last time around, so let's start off with it again. Before I used `tapply()` to calculate conditional means of miles per gallon for each number of cylinders. What if I wanted to do calculate conditional means for a bunch of the of the other variables in the `mtcars` dataset? You *could* just write the same line of `tapply` code over and over again until you had one line for each variable. However, there's a much more efficient way:
  96
  97 ```{r}
  98
  99 variables <- c("mpg", "disp", "hp", "wt")
 100
 101 sapply(mtcars[variables], function(v){
 102   tapply(v, mtcars$cyl, mean)
 103   }
 104   )
 105
 106 ```
 107
 108 Do you follow the example? Try reading it "inside-out" to understand out what it does. The innermost part is the call to `tapply()` and that should look pretty familiar from the previous tutorial example. The difference now is that it contains this weird call to some variable `v`. Working backwards, the previous line of code defines `v` as an argument to a function. The function is, in turn, being passed as an argument to `sapply()`, which it is applying to the columns in `mtcars` indexed by my vector of variable names.
 109
 110 Put another way: I have used `sapply` to call `tapply` to calculate conditional means (by cylinder number) for each item in the `variables` vector. My example only included four variables, but you could do the same thing for an arbitrarily large set of variables and it would work just fine. Indeed, it would be a very fast, efficient way of solving a seemingly complicated data processing task with very little code.
 111
 112 ## Conditional means in Tidyverse code
 113 I should reiterate here that the `*apply` functions are part of Base R. Other functions to do similar things exist and you may find these other functions more intelligible or useful for you. In particular, this is the sort of task that the Tidyverse handles in an arguably more intuitive fashion than Base R because it allows you to organize functions as a sequence of actions with function names that are verbs and this generally leads to more readable code. Here's an example snippet that replicates the same output. :
 114
 115 ```{r}
 116 library(tidyverse)
 117
 118 mtcars %>%
 119   group_by(cyl) %>%
 120   summarize( across(
 121     .cols=c(mpg, disp, hp, wt),
 122     .fns=list(
 123       avg=mean) ## writing this in this way allows the summarize function to create a useful variable name
 124     ))
 125
 126 ```
 127
 128 A little bit more verbose, but still quite concise![^1] Let's unpack it. The first thing you'll notice is the `%>%` symbol on the first line. In Tidyverse-speak `%>%` is referred to as a "pipe." It tells R to take the thing to the left and use it to perform the action that follows on the right (or below in this example). The other thing to notice is that when I'm working inside of these "piped" commands, the Tidyverse doesn't require me to use quotations to indicate variable/column names.
 129
 130 [^1]: Indeed, this command could be yet more concise, but I've intentionally left it a little "wordy" to facilitate readability and allow the example to develop further.
 131
 132 Once you know those Tidyverse fundamentals, the rest is nearly readable: you take the `mtcars` data set, group it by the `cyl` variable, and then summarize across a series of columns (`.cols`) with some function(s) (`.fns`).
 133
 134 Since the Tidyverse code takes a grammatical structure that nearly maps to English, adding another action (like calculating an additional summary statistic such as the conditional variance) can be done in a fairly straightforward way:
 135
 136 ```{r}
 137
 138 mtcars %>%
 139   group_by(cyl) %>%
 140   summarize( across(
 141     .cols=c(mpg, disp, hp, wt),
 142     .fns=list(avg = mean,
 143               sigma.sq = var)
 144     ))
 145
 146 ```
 147
 148
 149 Don't worry if you didn't follow that yet. The [Tidyverse documentation](https://tidyverse.org/) is extensive. Indeed, my example looks a lot like some of the examples from [the documentation for the `summarize()` function](https://dplyr.tidyverse.org/reference/summarise.html) and [the `across()` function](https://dplyr.tidyverse.org/reference/across.html) (Hadley Wickham, the author of most of the Tidyverse uses `mtcars` a **lot** in his example code). For now, I mostly wanted to introduce a Tidyverse data cleanup/management example because it's an area where the Tidyverse really shines.
 150
 151 ## Merging data frames
 152
 153 Combining various chunks of data together poses another family of common data management and processing challenges.
 154
 155 One way to do this when you have multiple dataframes is to use the `merge()` function. A merge might involve dataframes with mutually exclusive rows/columns or it might involve dataframes that already have some things in common. I'll present an example here using two example dataframes that I create by hand and that share a column:
 156
 157 ```{r}
 158 spiders <- c("black widow", "brown recluse", "daddy longlegs")
 159 poisonous <- c(TRUE, TRUE, FALSE)
 160 region <- c("south", "central", "all")
 161 genus <- c("Latrodectus", "Locosceles", "many")
 162 number <- c(2, 1, 250)
 163
 164
 165 # Notice that the datasets here share one column in common:
 166 s1 <- data.frame(spiders, poisonous, region)
 167 s2 <- data.frame(spiders, genus, number)
 168
 169 s.combined <- merge(s1, s2, by="spiders")
 170 s.combined
 171
 172 ```
 173 The `by="spiders"` part of the call to `merge()` tells R to use the shared column to produce a combined dataframe.
 174
 175 Take a look at the documentation for `merge()` and search for additional examples on StackOverflow and beyond if/when you want to pursue more complicated tasks along these lines. The arguments you can pass via `by` and `all`  can be especially useful.
 176
 177 ## Cleaning and organizing data
 178
 179 You already saw several ways to cleanup data in my initial presentation of dataframes last week. Let's return to that and build out some additional examples here. A lot of what follows is about taking the results of various data management steps and making sure they are arranged so as to make subsequent steps more intelligible. While it may seem tedious to spend time writing or revising your code to do this kind of thing, the payoff is code and data that are more human-readable. When your code and data are more human-readable, it's easier to develop intuitions and find mistakes.
 180
 181 Take a look at the class of the object returned by a previous example:
 182
 183 ```{r}
 184 class(
 185   sapply(mtcars[variables], function(v){
 186     tapply(v, mtcars$cyl, mean)
 187 }) )
 188
 189 ```
 190
 191 Hmm, what if you wanted a data frame? You already know how to do that! I'll call `data.frame()` and assign the output to a new object:
 192
 193 ```{r}
 194 cyl.conditional.means <- data.frame(
 195   lapply(mtcars[variables], function(v){
 196     tapply(v, mtcars$cyl, mean)
 197 }) )
 198
 199 head(cyl.conditional.means)
 200 ```
 201
 202 We can even do some more cleanup to give the cylinder count its own variable and rename the other columns to reflect that they consist of averages:
 203
 204 ```{r}
 205 names(cyl.conditional.means) <- c("mean.mpg", "mean.disp", "mean.hp", "mean.wt")
 206
 207 # Notice that I'm converting the values back to numeric
 208 cyl.conditional.means$cyl.number <- as.numeric(row.names(cyl.conditional.means))
 209
 210 # Maybe look at the row names before you run this next line so that you can see what it does.
 211 row.names(cyl.conditional.means) <- NULL
 212
 213 head(cyl.conditional.means)
 214
 215 ```
 216
 217 This data should be clearer and easier to work with now.
 218
 219 What if, instead of having that dataframe sorted by the number of cylinders, you wanted to sort it by the value of `mean.mpg`? The `sort.list` function can help:
 220
 221 ```{r}
 222 cyl.conditional.means[sort.list(cyl.conditional.means$mean.mpg),]
 223 ```
 224
 225 Again, you could run `row.names(cyl.conditional.means)` <- NULL` to reset the row numbers.
 226
 227 By now you might have noticed that a some of my code in this section replicates parts of the output that the Tidyverse example above created by default. As I said earlier, the Tidyverse really shines when it comes to tidying data (shocking, I know). There are also functions ("verbs") in the Tidyverse libraries to perform all of the additional steps (such as sorting data by the values of a column). If you are interested in doing so, check out more of the [Tidyverse documentation](https://tidyverse.org/) and the [Wickham and Grolemund *R for Data Science* book](https://r4ds.had.co.nz/) listed among the course resources.
 228
 229 ## Working with dates
 230
 231 Date and time objects are another more advanced data class in R. Managing date and time data can be a headache. This is because dates and times tend to be formatted inconsistently and are usually given to you as character variables, so you will need to transform them into a format that R can "understand" as dates. There are many packages for working with dates and times, but for now I'll introduce you to the Base R way of doing so. This uses a data type formally called "POSIX" (no need to worry about why it's called that).
 232
 233 To build up an example, I'll create some date-time values, add a little noise, and convert them into a character vector:
 234
 235 ```{r}
 236 add.an.hour <- seq(0, 3600*24, by=3600)
 237 some.hours <- as.character(Sys.time() + add.an.hour) ## Look up Sys.time() to see what it does.
 238 ```
 239 Now, let's take a look at the results of that:
 240 ```{r}
 241 class(some.hours)
 242 head(some.hours)
 243 ```
 244 These are beautifully formatted timestamps, but R will not understand them as such. This is often how you might receive data in, for example, a dataset you import from Qualtrics, scrape from the web, or elsehwere. You can convert the `some.hours` vector into an object class that R will recognize as a time object using the `as.POSIXct()` function. Notice that it even adds a timezone back in!
 245 ```{r}
 246 as.POSIXct(some.hours)
 247 ```
 248
 249 If things aren't formatted in quite the way R expects, you can also tell it how to parse a character string as a POSIXct object:
 250
 251 ```{r}
 252 m <- "2019-02-21 04:35:00"
 253 class(m)
 254
 255 a.good.time <- as.POSIXct(m, format="%Y-%m-%d %H:%M:%S", tz="CDT")
 256 class(a.good.time)
 257 ```
 258 Once you have a time object, you can even do date arithmetic with `difftime()` (but watch out as this can get complicated):
 259
 260 ```{r}
 261 difftime(Sys.time(), a.good.time, units="weeks")
 262 ```
 263 This calculated the number of weeks elapsed between the current time and an example date/time I created above.
 264
 265 # Creating (repeated) sequences, distributions, and samples
 266
 267 The *OpenIntro* reading this week introduces some core concepts and tools for probability. R has a number of functions that you can use to illustrate these concepts, replicate examples, and generate simulations of your own. This section of the tutorial introduces a few useful starting points. You may also find these snippets and functions valuable for managing real data.
 268
 269 First, let's create two sequences of numbers using the `seq()` function:
 270
 271 ```{r}
 272 odds <- seq(from=1, to=100, by=2)
 273 evens <- seq(from=2, to=100, by=2)
 274
 275 head(odds)
 276 head(evens)
 277 ```
 278 Or maybe (for some reason) I want to have a vector that repeats the odd integers between 1 and 100 five times? Try `rep()`:
 279
 280 ```{r}
 281 more.odds <- rep(seq(from=1, to=100, by=2), 5)
 282 ```
 283 You can use `sample()` to draw samples from an object:
 284
 285 ```{r}
 286 sample(x=odds, size=3)
 287 sample(x=evens, size=3)
 288 ```
 289
 290 You can also sample "with replacement." Here I take 100 random draws from the binomial distribution, which is analogous to 100 independent trials of, say, a coin flip:
 291 ```{r}
 292 draws <- sample(x=c(0,1), size=100, replace=TRUE)
 293
 294 table(draws)
 295 ```
 296
 297 What if you wanted to take a random set of 10 observations from a dataframe? You can use `sample` on an index of the rows:
 298
 299 ```{r}
 300 odds.n.evens <- data.frame(odds, evens)
 301
 302 odds.n.evens[ sample(row.names(odds.n.evens), 10), ]
 303
 304 ```
 305
 306 ## Managing randomness
 307
 308 Try running one of the `sample` commands above again. You will (probably!) get a different result because `sample` makes a random draw each time it runs.
 309
 310 Even in statistics, you sometimes want things to be a little *less random*. For example, let's say you want to reproduce a specific random draw. To do this, you use the `set.seed()` command, which takes any integer as its argument. Setting the seed value in this way ensures that the next random draw will be the same each time:
 311
 312 ```{r}
 313 set.seed(42)
 314 x <- sample(odds, 10)
 315
 316 y <- sample(odds, 10) # different
 317
 318 set.seed(42)
 319 z <- sample(odds, 10) #
 320
 321 head(x)
 322 head(y)
 323 head(z)
 324
 325 table(x==y) ##  One in ten!
 326 table(x==z)
 327 ```
 328 Note that the first random draw after I set the seed to the same value is the same both times (see the results of `table(x==z)`), but not the same when I create `y`.
 329
 330 # Creating functions
 331
 332 You should learn how to define and run your own functions. This is a big part of what makes statistical **programming** a thing in R and what has made it possible for people to develop such a wide range of packages on top of the R Base.
 333
 334 Defining a function in R requires that you use the `function()` command to let R know what your function can do as well as what arguments you will pass to it. Here is an example of a function that I'll call `times.two()`. It takes a number and multiplies it by two:
 335
 336 ```{r}
 337 times.two <- function(x){
 338   twicex <- x * 2
 339   return(twicex)
 340 }
 341
 342 times.two(21)
 343 ```
 344
 345 A few things to notice here. First, you can see that I assigned my function to an object/variable (in this case `times.two`) just like we've done with other kinds of objects. (**Important**: You need to execute the code that defines the function in order to be able to use it!)
 346
 347 I use curly braces (`{ }`) to contain the content of the function. Everything inside the curly braces is the "action" that the function executes when I call it later (in this case, the function takes an arbitrary value, multiplies it by two, and returns the result).
 348
 349 The `return()` syntax at the end of the function tells R exactly what output I want my function to "return" when I execute it. As usual in R, you can leave out the explicit call to something like `return()` and R will try to guess what you want based on the last thing you asked it to do inside the function. That guess will usually be bad, so you're almost always better off calling `return()`.
 350
 351 Any function needs something inside the parentheses, known as an "argument." In this case the argument, `x` is included in the definition and content of my function. The important thing to know is that this `x` will really only have meaning *inside* the context of the function. If another `x` is defined elsewhere in my R environment at the time I run my function, R won't necessarily "see" it within the function.
 352
 353 Finally, in the last line of that code block, you can see that I have "called" my function with the argument "21." Since I execute the part of my code that defines the function, R now knows what `two.times()` means, so when I call it and provide the argument `21`, R goes ahead and tries to execute the code I wrote substituting the argument for `x`.
 354
 355 ## Example: Creating my own `mean()` function:
 356 Here is a slightly more complicated function that takes a numeric vector, removes any `NA` (missing) values, and calculates the arithmetic mean:
 357
 358 ```{r}
 359 my.mean <- function(z){
 360   z <- z[!is.na(z)]
 361   sigma <- sum(z)
 362   n <- length(z)
 363   out.value <- sigma/n
 364   return(out.value)
 365 }
 366 ```
 367 You can try running this on the built-in `rivers` dataset (run `help(rivers)` to see what it's about). Here I'll add a missing value and then I'll compare the output of `my.mean()` to the output of the `mean()` function included with R:
 368
 369 ```{r}
 370 data(rivers)
 371 rivers[7] <- NA
 372
 373 my.mean(rivers)
 374
 375 mean(rivers, na.rm=TRUE)
 376 ```
 377
 378 A key reminder: in order to access a user-defined function you must execute the code that defines the function first. If you don't do this, R won't know what you're talking about when you ask it to run the new function.
 379
 380 ## Two tips for writing and debugging your functions
 381
 382 When you're creating a function of you're own it's common to have things not-quite-work at some point along the way (especially while you're just learning the syntax of the R language!). In other words, your code will have bugs. What to do?!
 383
 384 Debugging is a big topic and a reality of programming in any language (just ask someone you know with previous programming experience!). Without going into much depth, I offer two very simple tips for avoiding, identifying, and fixing bugs in your R code:
 385
 386 (@) **Work small.**
 387
 388 You may have big plans for your function, but it's often helpful to build towards those big plans in small chunks. For example, notice that the `my.mean()` function I defined above only does one thing on each line. This is intentional. It is possible to write an elaborate single line of code to do all of the things in that function. However, doing so increases the likelihood that there will be an error somewhere and that the error will be much, much harder to see. Shorter, simpler lines of code (especially while you're learning) are often better.
 389
 390 (@) **Test often.**
 391
 392 If you have a function that involves multiple steps, any one of them may go wrong. A great way to evaluate/prevent this is to test each step as you go to make sure it's producing the output you expect. One way to do this is by building up your function adding one piece at a time and inspecting the output. For example, you might create some test data and run each line of your code individually on the test data to make sure it does what you expect. Here's an example that test the first line of `my.mean()`:
 393
 394 ```{r}
 395 y <- c(2,12,31,26,NA,25)
 396
 397 y
 398
 399 y[!is.na(y)]
 400 ```
 401 This line-by-line approach is good, but eventually you need to also make sure things are working *inside* the function. A basic way to do this is using the `print()` command to print the results of intermediate steps in your function.
 402
 403 Here is an example of that using the `y` vector I just defined and a new version of the `my.mean` function with a debugging (`print()`) line included:
 404
 405 ```{r}
 406 debug.my.mean <- function(z){
 407   z <- z[!is.na(z)]
 408   sigma <- sum(z)
 409   print(sigma) ## here's my debugging line.
 410   n <- length(z)
 411   out.value <- sigma/n
 412   return(out.value)
 413 }
 414
 415 debug.my.mean(y)
 416
 417 sum(y, na.rm = TRUE) ## Checks my code against a built-in function
 418
 419 ```
 420
 421 Notice that the call to `debug.my.mean()` produces two pieces of output: the thing I asked to be printed in the middle of the function as well as the returned value of the function itself.
 422